Küsimus:
Kui suur on energia erinevus guaniini ja uratsiili keto- ja enoolvormi vahel?
Mad Scientist
2012-04-27 10:36:41 UTC
view on stackexchange narkive permalink

DNA ja RNA nukleoalused esinevad tavaliselt keto kujul, mitte aga enooli kujul. Huvitava ajaloolise märkmena uskusid James Watson ja Francis Crick algselt enol-vormi omaksvõtmist, mis ei ühildu nende hiljem välja pakutud DNA õige mudeliga.

Kuid on mõningaid teateid mis näitab, et teatud RNA struktuurides moodustavad guanosiin ja uridiin sisuliselt Watson-Cricki aluspaari, kus üks kahest alusest on tavalise GU võnkepõhja paari asemel enooli kujul.

Kas on midagi teada kui suur on nende aluste keto- ja enoolivormi energia erinevus?

Kas peate silmas kohapeal (st BP-s) või iseseisvalt?
Mõlemad alternatiivid vastaksid tõenäoliselt minu küsimusele, kuid ma mõtlesin peamiselt ise nukleoaluste üle.
Kaks vastused:
#1
+14
F'x
2012-04-27 17:44:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ma ei ole selle valdkonna ekspert, kuid kirjanduse kiire kontroll annab välja hulgaliselt selleteemalisi pabereid. Täpsemalt leidsin selle artikli [1], mis vastab kenasti guaniini küsimusele:

enter image description here

enter image description here

Niisiis, gaasifaasis on kõige stabiilsemal enool-tautomeeril vaba energia erinevus 0,9 kcal / mol kõige stabiilsema keto-tautomeeri korral. See vaba energia erinevus on vesilahuses väga tugev. Nüüd on see ∆G ° = 8,7 kcal / mol . Samuti märkame, et kõige stabiilsem keto-tautomeer ei ole gaasifaasis ja lahuses sama ning et nii keto kui ka enoolil on palju tautomeere vaba energia lähedal, mis näitab lihtsa keto ja enooli mõtteviisi piire. / p>


Mis puutub uratsiili, siis esimene viide bibliograafilises otsingus on see artikkel [2]. Tsiteerin ainult abstraktset:

Lahusti mõju tsütosiini ja uratsiili tautomeersele tasakaalule uuritakse Onsageri reaktsioonivälja mudeli abil tiheduse funktsionaalse teooria raames. […] Meie tulemused on heas kooskõlas olemasolevate katsetulemustega ja kinnitavad, et soluudi polariseerumine kontiinumi poolt avaldab olulist mõju absoluutsele ja suhtelisele solvatsioonienergiale.


  1. pKa Guaniini väärtused vees: tiheduse funktsionaalse teooria arvutused koos Poissoni-Boltzmanni jätkuva lahenduse mudeliga , YH Jang jt, J. Füüsiline Chem. B 2003, DOI: 10.1021 / jp020774x

  2. Lahusti mõjud uratsiili ja tsütosiini tautomeeria tiheduse funktsionaalsetes arvutustes , L. Paglieri jt , Quantum Chem. , 2004, DOI: 10.1002 / qua.560560517

Gaasifaasi ja vesilahuse suur erinevus on väga huvitav, kuna keeruka RNA struktuuri sisemus on tõenäoliselt esimesele lähemal.
Ma ei saa aru, miks nad ei sisaldanud tautomeeri, mis on protoneeritud välises amiinirühmas. See peaks olema altid protonatsioonile.
#2
+3
Ryan
2012-11-30 14:15:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

@ F'x esitatud andmed on küsimusele vastamiseks väga kasulikud. Kuid aluste suhteline stabiliseerumine vesiniku üksteisega sidumisel on küsimusele oluline. Kuna virnastamise roll on alles väljatöötamisel, ei usu ma, et sellele küsimusele oleks lihtne vastus.

Kuna täheldatakse õõtsumispaare, pole ma neid näinud väljaspool konteksti, kus tavapärased aluspaarid on ka samas molekulis, ma pole isegi kindel, et nende moodustumine on eksergooniline.



See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...