Küsimus:
5 kolineaarse aatomi seeria Z-maatriks
F'x
2012-05-08 13:41:17 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Kuidas saab kirjutada järgmise kompleksi Z-maatriksit?

  O == C == O H - O \ H  

Mul on õnnestunud kirjutada:

  OC 1 a O 2 a 1 180 H 3 d 2180 1? O 4 b 3180 2? H 5 b 4 t 3?  

kuid ma ei tea, kuidas määrata kahendnurki, mis on tähistatud ? -ga. Kas nad kõik on null? Või täiesti täpsustamata? Kui jah, siis kas ma saan nende muutujatega koordinaatide optimeerimist teha või on see probleem?

Kaks vastused:
#1
+14
Richard Terrett
2012-05-08 13:52:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Z-maatriksis ei saa olla sidumisnurki 0 või 180 kraadi. Seda seetõttu, et dihedraal muutub degenereerunuks. Selle lahendamiseks võite lisada ' näiv aatomid ', mis pakuvad abipunkti 180-kraadise nurga eemaldamiseks. Arvutuskeemia komplektides tähistatakse neid aatomeid tavaliselt $ \ ce {X} $ või $ \ ce {Xx} $. Tavaliselt asetatakse näiv aatomid aatomipaari suhtes 90 kraadi juurde ja kolmas kolineaarne aatom määratakse seejärel 90-kraadise sidumisnurgaga ja 0-või 180-kraadise dihedraaliga eelmise 3 aatomi suhtes. h2> Näide

Selleks, et illustreerida seda, millest ma räägin, on siin teie molekuli paari skeem koos kolme näiva aatomiga:

An illustrated Z-matrix

Sellel võib olla Z-maatriks:

  O 1C 1 aXx 2 1,0 1 90O 2 b 3 90 1 180Xx 4 1,0 2 90 3 0H 4 c 5 90 2 180Xx 6 1,0 4 90 5 0O 6 d 7 90 4 180H 8 e 6 104,5 7 180  

Märkused

Puuduvad ranged reeglid selle kohta, kui palju peaksite kasutama (ilmselt võiksime lihtsalt määratlege järgnevad dihredalid vasakpoolse mannekeeni aatomi järgi), kuid kõige parem on püüelda lokaalsuse poole, et mõne muutuja väikesed muutused ei vastaks suurele nihkele mujal, sel juhul võivad ümardusvead või suured kalded teie päeva rikkuda. Oleksite võinud määratleda ka kõik oma molekuli dihedraalid selle mugava mittekolineaarse vesiniku suhtes, kuid see on spagetikoodi Z-maatriksi ekvivalent.

Pange tähele, et ma kasutan iga muutuja. Seda seetõttu, et $ \ ce {HO} $ ja $ \ ce {C = O} $ võlakirjade võrdse pikkusega sundimine on tõenäoliselt selle süsteemi geomeetria optimeerimise ebareaalne piirang.

Lõpuks Pange tähele, et näiva aatomid ei osale molekuli elektroonilises struktuuris, nii et pange need julgelt ükskõik kuhu ja määrake mannekeeni aatomi „sideme” pikkus mis iganes soovite. 1.0 Ångström on minu teada traditsiooniline.

P.S.

Moldenil on täielik, kui idiosünkraatiline graafiline Z-maatriksiredaktor.

Tore vastus (pekske mind selle käivitamiseks!). Kui teised häälestavad, hoiduge Moldeni auto-Z-maatriksigeneraatori kasutamisest. Tõenäoliselt annab see teile rämpsu.
@LordStryker - see on aus tähelepanek. Moldeni saab kõige paremini kasutada Z-maatriksite ehitamiseks käsitsi või käsuga 'Z-maatriksi ümberjärjestamine', mis võimaldab uffy-Z-maatriksi uuesti üles ehitada, klõpsates lihtsalt aatomitel soovitud järjekorras.
#2
-2
Daniel
2012-06-08 07:36:48 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Võite kasutada SMILES-e Avogadros või openbabelis ja see annab 3D-koordinaadid, mida saate muuta. Ja saate luua Gaussi, NWChemi, gamess ... sisendeid.

Kuidas see on seotud Z-maatriksitega? Kas Avogadro või openbabel toovad 3D-koordinaatidest Z-maatriksid? Kas nad on siis "mõistlikus" füüsilises korras?
@F'x Jah, nii Open Babel kui ka Avogadro loovad automaatselt "mõistliku" füüsilise korraga Z-maatriksid. Mõne mõistliku määratluse jaoks. Teie küsimusele arvan, et ülaltoodud vastus on palju parem - nii paljude kollinaarsete aatomite optimeerimine võib olla väga raske.


See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...