Z-maatriksis ei saa olla sidumisnurki 0 või 180 kraadi. Seda seetõttu, et dihedraal muutub degenereerunuks. Selle lahendamiseks võite lisada ' näiv aatomid ', mis pakuvad abipunkti 180-kraadise nurga eemaldamiseks. Arvutuskeemia komplektides tähistatakse neid aatomeid tavaliselt $ \ ce {X} $ või $ \ ce {Xx} $. Tavaliselt asetatakse näiv aatomid aatomipaari suhtes 90 kraadi juurde ja kolmas kolineaarne aatom määratakse seejärel 90-kraadise sidumisnurgaga ja 0-või 180-kraadise dihedraaliga eelmise 3 aatomi suhtes. h2> Näide
Selleks, et illustreerida seda, millest ma räägin, on siin teie molekuli paari skeem koos kolme näiva aatomiga:
Sellel võib olla Z-maatriks:
O 1C 1 aXx 2 1,0 1 90O 2 b 3 90 1 180Xx 4 1,0 2 90 3 0H 4 c 5 90 2 180Xx 6 1,0 4 90 5 0O 6 d 7 90 4 180H 8 e 6 104,5 7 180
Märkused
Puuduvad ranged reeglid selle kohta, kui palju peaksite kasutama (ilmselt võiksime lihtsalt määratlege järgnevad dihredalid vasakpoolse mannekeeni aatomi järgi), kuid kõige parem on püüelda lokaalsuse poole, et mõne muutuja väikesed muutused ei vastaks suurele nihkele mujal, sel juhul võivad ümardusvead või suured kalded teie päeva rikkuda. Oleksite võinud määratleda ka kõik oma molekuli dihedraalid selle mugava mittekolineaarse vesiniku suhtes, kuid see on spagetikoodi Z-maatriksi ekvivalent.
Pange tähele, et ma kasutan iga muutuja. Seda seetõttu, et $ \ ce {HO} $ ja $ \ ce {C = O} $ võlakirjade võrdse pikkusega sundimine on tõenäoliselt selle süsteemi geomeetria optimeerimise ebareaalne piirang.
Lõpuks Pange tähele, et näiva aatomid ei osale molekuli elektroonilises struktuuris, nii et pange need julgelt ükskõik kuhu ja määrake mannekeeni aatomi „sideme” pikkus mis iganes soovite. 1.0 Ångström on minu teada traditsiooniline.
P.S.
Moldenil on täielik, kui idiosünkraatiline graafiline Z-maatriksiredaktor.