Küsimus:
Kuidas teha 3D molekulaargraafikat, mis sarnaneb Vikipeedias näidatuga?
Pritt says Reinstate Monica
2017-05-15 07:00:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ma tahan teha 3D molekulaargraafikat, mis sarnaneb Vikipeedias leiduvaga. Benseeni lehel näete, et struktuur näeb välja selline: enter image description here

Kui aga lähen siin näidatud interaktiivsele pildile:

enter image description here

Saan interaktiivse pildi, mis näeb välja selline: enter image description here

Mulle teine ​​pilt ei tundu kena ja ma eelistan esimest. Tundub, et ma ei leia kuidagi viisi, kuidas saada pärast SMILES-ist konverteerimist mis tahes molekuli esimene tüüp. Ma tahan joonistada näiteks bismabenseeni struktuuri? Kuidas luua selleks graafiline pilt, kui see pole Vikipeedias saadaval?

Tuleb meelde [PyMol] (https://www.pymol.org/). Seal on palju tasuta asju. Päeval (ja ikka) on [RasMol] (http://www.openrasmol.org/).
@ToddMinehardt Kas on midagi võrgus? Ma pole praegu tarkvara allalaadimiseks valmis.
Võib-olla [eMolecules] (https://www.emolecules.com/)? Ärge võtke minu sõna selle vastu, ma olen vana ja pole nii informeeritud kui teised sellel saidil.
@ToddMinehardt C'mon, mulle tundub, et oled üsna kursis! Igatahes, igaks juhuks, kui teil seda vaja läheb: Siin on vend-kallistus kaas-keemikult, kes on ka oma 20. sünnipäeva rohkem kui korra tähistanud ;-)
Benseenipildi (ja paljude teiste molekulide) teinud isikul on juhised selle tegemiseks oma kasutajalehel, kui see aitab: https://et.wikipedia.org/wiki/User:Benjah-bmm27/MakingMolecules
-1
Pisut paaritu kujutis, nagu teine, võib juhtuda, kui algselt joonistati ja salvestati selgesõnaliste vesinikuaatomitega * .mol-failina struktuur. Kui see pole välja lülitatud, arvutab Jmol võlakirjad automaatselt, kuid need võidakse siiski keelata (redigeeri -> eelistused -> võlakiri). Kuid Jmoli kasuks on samal indekskaardil kaks joonlauda, ​​mis määratlevad sidemete tolerantsuse ja minimaalse sidemete kauguse, mis pakub positsiooniliselt korrastamata ahelatega kristallstruktuuride kuvamisel üsna palju eeliseid (võrreldes näiteks CCDC Mercury'iga).
Kui kasutate juhuslikult Linuxi-põhist operatsioonisüsteemi, on suur tõenäosus, et teie distrool on Jmol repos. See on suur (~ 150M), kuid lasin selle alla laadida, installida ja käivitada umbes minutiga. Mulle meeldib see. Selleks on vaja üldnimesid, keemilisi nimesid, SMILES, InChI ja CAS, ja loomulikult loo oma. Ja see on täiesti tasuta (toode ja litsents) ning garanteeritud, et pole lisatud lisandeid ega crapware. See on ainus * mol 3D tüüpi toode, mida olen proovinud (olen ka vana), nii et ma ei oska öelda, kas see on teistest parem või halvem.
@PrittBalagopal Näib, et see on lihtsalt demograafiline uuring lingitud Discovery Studio Visualizeri allalaadimislehel, mitte piirang, kes saab alla laadida. Ma soovitaksin midagi sellist nagu Industy: Other JobFunction: Research JobRole: Student CompanyName: - või mis iganes teie arvates on teie olukorrale kõige lähemal. Proovige parimat mängu, kuid ärge muretsege liiga palju, kui see pole täpne.
@R.M. Oh, see on tore, ma proovin seda.
Kaks vastused:
Klaus-Dieter Warzecha
2017-05-15 09:18:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Geomeetria saate genereerida valitud molekuli jaoks, joonistades selle Avogadrosse. Sageli soovite geomeetriat täpsustada jõuvälja arvutamise abil.

Avogadro toetab mitut visualiseerimise viisi, mida kõiki saab konfigureerida vastavalt teie eelistustele. Komplekti kuulub kuuli ja pulga mudel, mida näib eelistavat.

Kui soovite sisendfailist animatsiooni genereerida, võib üks võimalus olla QuteMol.

Interaktiivne visualiseerimine benseeni vikipeedia lehel genereeritakse, kasutades JSmol i, mis on Jmoli JavaScripti rakendus.

Kui teid huvitavad ainult veebitööriistad, MolView võiks olla üks võimalus.

Kas on midagi võrgus? Ma pole praegu tarkvara allalaadimiseks valmis
Vau, MolView on tõeliselt lahe mänguasi. See on nii palju kiirem kui Molcalc, kahjuks vähem täpne, kuid sellegipoolest hea lähtestruktuuri generaator.
@Martin- マ ー チ ン Ausalt öeldes ei olnud ma tööriistast teadlik alles 2 tundi tagasi: D Veebiotsingud on õnnistus ;-)
Martin - マーチン
2017-05-15 09:29:18 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Vaadake lehte Molcalc. See on täielikult võrgus ja kasutab visualiseerijana JSmoli.

Teise võimalusena võite juba arvutatud struktuuride jaoks sirvida Pitti kvanthoidlat.

Ma tahan, et see näeks välja nagu Vikipeedias
@Pritt Kui soovite, et need näeksid välja nagu Vikipeedias, soovitan teil järgida Carmeisteri postitatud linki. Peate siiski programmid alla laadima ja installima.


See küsimus ja vastus tõlgiti automaatselt inglise keelest.Algne sisu on saadaval stackexchange-is, mida täname cc by-sa 3.0-litsentsi eest, mille all seda levitatakse.
Loading...